Trong khoảng một thế kỷ, Ai Cập thường là nơi đi qua của các đoàn quân Ả Rập đi chiếm các vùng đất phương tây: miền Cyrénaïque ở Libya năm 642, miền Ifriqiya năm 647, thành Carthage ở Tunisia năm 670, đất Maroc năm 698, phần lớn Tây Ban Nha năm 718.

Đất Ai Cập cũng liên hệ mật thiết với các chính quyền trung ương ở châu Á. Năm 656, một đoàn phiến quân từ Ai Cập đánh Medina và hành thích khalip Othman. Các năm 657 đến 661, quốc gia Hồi giáo bị nội chiến chia đôi, Ai Cập theo phe quan tổng đốc Xy Ri là Mu'Awiya. Phe này thắng trận, lập nhà Omeyyad (cũng viết là Umayyad) và biến dần quốc gia Hồi giáo thành đế quốc Ả Rập. Trong giai đoạn 680 - 692, một phần của Ai Cập theo Abdallah ibn al-Zubayr nổi dậy chống khalip Yazid I của nhà Omeyyad. Yazid I làm nhiều điều trái lòng dân, nên Abdallah xưng là khalip và chiếm giữ được nhiều vùng ở bán đảo Ả Rập, Iraq và Xy Ri.

Năm 725, người Copt nổi dậy vì thuế 'dhimmi' tăng cao. Năm 727, chính quyền nhà Omeyyad đưa 3.000 quân Ả Rập sang trấn đóng gần Bilbeis. Những cuộc nổi dậy khác của người Copt được ghi nhận năm 739 và 750, lần nào cũng do thuế quá nặng.

Năm 750, nhà Abbasid thay thế nhà Omeyyad, và lập nhiều thứ thuế mới. Người Copt lại nổi dậy năm 753. Thời các khalip Al-Mansur (754 -775) và Harun Al-Rashid (786 - 809) đế quốc thường được thanh bình thịnh trị. Năm 817, dân vùng ngoại ô thành Cordoba ở Tây Ban Nha nổi loạn. Bị trục xuất về phương đông, họ vào chiếm được Alexandria, nhưng không bao lâu thì bị đàn áp. Năm 828 lại có cuộc nổi dậy địa phương, và năm 831 cả người Copt và người tín đồ Hồi giáo gốc Ai Cập đều vùng lên. Năm 832 người Copt 'bachmurites' nổi dậy, bị khalip Al-Mamun dẹp được.